H Διεύθυνση Γραμματείας, στεγάζεται στο Γραφείο 1 της Υπηρεσίας, το οποίο βρίσκεται στον 1ο Όροφο του Δικαστικού Μεγάρου Χανίων και στην Ανατολική Πτέρυγα αυτού. Ασκείται από τον Προϊστάμενο Διεύθυνσης, ο οποίος έχει το βασικό καθήκον της οργάνωσης και εποπτείας των εκτελουμένων εργασιών όλης της Υπηρεσίας, σε συνεννόηση και συνεργασία με τους Προϊσταμένους των υφιστάμενων Τμημάτων, καθώς και της επίλυσης πάσης φύσεως προβλημάτων και δυσχερειών που προκύπτουν στη συνεργασία των γραμματέων με τους Δικαστές, στην εξυπηρέτηση των δικηγόρων και στη συναλλαγή με τους πολίτες.
Έχει, επίσης, την υποχρέωση υποβολής των Εκθέσεων Αξιολόγησης όλων των Υπαλλήλων, σε συνεργασία με τους Προϊσταμένους των Τμημάτων, καθώς και των Προϊσταμένων των Τμημάτων, σε συνεργασία με τον Διευθύνοντα το Πρωτοδικείο. Στα πλαίσια των καθηκόντων του Προϊσταμένου Διεύθυνσης συμπεριλαμβάνονται η τήρηση του ηλεκτρονικού Γενικού Πρωτοκόλλου Αλληλογραφίας αλλά και του Εμπιστευτικού Πρωτοκόλλου καθώς και η ενημέρωση των στοιχείων και η διαχείριση του προσωπικού της Υπηρεσίας (Δικαστών και Υπαλλήλων) μέσω της ηλεκτρονικής πλατφόρμας του Συστήματος Διαχείρισης Ανθρώπινου Δυναμικού. Επιπροσθέτως, έχει την ευθύνη, ως Διευθυντής Προσωπικού, να μεριμνά για την υποβολή και τη διεκπεραίωση αιτημάτων πλήρωσης θέσεων.
Στην αρμοδιότητα της Διεύθυνσης της Γραμματείας εμπίπτουν και κάθε είδους διοικητικές εργασίες της Γραμματείας, για παράδειγμα:
- Σύνταξη πάσης φύσεως Πράξεων Προέδρου,
- Εκθέσεις εμφάνισης και αναχώρησης Δικαστικών Λειτουργών και υπαλλήλων,
- Θεώρηση βιβλίων σωματείων,
- Καταχώρηση συμβάσεων χρηματοδοτικής μίσθωσης (Leasing),
- Επικύρωση δικαστικών και συμβολαιογραφικών εγγράφων με τη σφραγίδα της Χάγης,
- Επιμέλεια των υποθέσεων Δικαστικής Συνδρομής από χώρες του Εξωτερικού,
- Άδειες των συμβολαιογράφων,
- Τήρηση του βιβλίου αδειών των υπαλλήλων,
- Έλεγχος και εποπτεία κάθε είδους συμβάσεων προμηθειών της Υπηρεσίας,
- Ρύθμιση των υπηρεσιών αυτοφώρων Σαββάτων και αργιών κλπ.